В основе фамилии Щербинин лежит прозвище Щербак ( или Щербатый, Щербач) – так в Древней Руси называли человека, лишенный одного или нескольких передних зубов. В «Войне и мире» Л.Н. Толстого описан партизан Тихон Щербатый, прозванный так не зря: улыбка его открывала недостаток зуба.При образовании фамилии происходило выпадение конечных элементов прозвищ: -АК, -АТ, -АЧ, что явилось результатом исторических изменений в языке.
По другой из версий, эта фамилия восходит к нарицательному «щербатый», т.е. ущербный, человек с каким-либо физическим изъяном (например, с лицом, изрытым следами оспы, или без зуба и т.п.).
Согласно еще одной гипотезе, фамилия образована от «щербак» в значении «стяжатель, хапуга», в костромских говорах это слово имело значение «одноконный извозчик»; в нижегородских говорах «щербить» означало «присваивать всеми неправдами чужое». Прозвище Щербач могло образоваться от глагола «щербачить», что в Новгороде означало «задориться и браниться». Подобные прозвища были частыми в XV-XVII вв.
Известно, что Щербинины - старинный русский дворянский род, происходящий от Анофрия, выходца "из немецев", служившего при великом князе тверском Всеволоде Александровиче (умер в 1365 г.) боярином. Праправнук его, Василий Игнатьевич был прозван Щербиною, а потомки его стали прозываться Щербиниными. Внук и правнук последнего, Василий Иванович и Григорий Васильевич, были участниками целого ряда сражений в Смутное время: последний был убит в 1610 г. во время осады Москвы поляками. Внук Григория Васильевича, Матвей Яковлевич, был известным воеводой во второй половине XVII века. Известны были своими воинскими подвигами, особенно в войне с турками, и сыновья Матвея Яковлевича - Григорий и Михаил. Род Щербининых записан в VI часть родословных книг Московской и Псковской губерний, герб внесен во II часть Общего Гербовника. Щербак, со временем получил фамилию Щербинин.